Die Aufgaben des Vorstandes sind in § 5 des Gesetzes über die Stiftung Naturschutz Berlin geregelt. Der Vorstand wird auf Vorschlag des Stiftungsrates und des Senats von Berlin bestellt. Dem Gremium gehören vier Personen an. Der Vorstand  ist für die laufenden Geschäfte der Stiftung Naturschutz Berlin verantwortlich und vertritt sie nach außen. Die Mitglieder des Vorstands werden für die Dauer der Wahlperiode des Abgeordnetenhauses von Berlin bestellt und sind ehrenamtlich tätig.