Der Stiftungsrat ist das höchste Gremium der Stiftung. Er besteht derzeit aus 20 Mitgliedern. Davon sind 19 stimmberechtigt.

Zusammensetzung des Stiftungsrates:

• je ein Vertreter der in Berlin anerkannten Naturschutz-Vereine
• drei Vertreter der Berliner Verwaltung
• je ein Vertreter der im Abgeordnetenhaus von Berlin vertretenen Fraktionen
• ein Vertreter des Landesbeauftragten für Naturschutz (beratend, ohne Stimmrecht)

Der Stiftungsrat bestimmt die Leitlinien für die Tätigkeiten der Stiftung, er beschließt den Wirtschaftsplan, überwacht den Vorstand und prüft die Rechtmäßigkeit und Wirtschaftlichkeit der Geschäftsführung. Die Mitglieder des Stiftungsrates sind ehrenamtlich tätig.